Действие мультфильма происходит в XXVI веке, когда страшный вирус уничтожил 99% населения Земли. На планете остались всего два государства — анархистская Моника и тоталитарная Бренна, которой правит ученый-диктатор Тревор Гудчайлд. Женщина-суперагент из Моники по имени Эон Флакс пытается убить Гудчайлда.